Punkevní jeskyně - ochrana a výzkum
V roce 1956 byl Moravský kras vyhlášen chráněnou krajinnou oblastí. Punkevní jeskyně s Macochou a okolními krasovými žleby, jsou centrem národní přírodní rezervace Vývěry Punkvy. Všechny podzemní i povrchové krasové jevy, jejich živé i neživé součásti, jsou přísně chráněny podle zákona č. 114/92 Sb., o ochraně přírody a krajiny. Od roku 1991 jsou jeskyně ve správě a přímé péči odborné organizace státní ochrany přírody. Punkevní jeskyně i okolní naučné stezky presentují návštěvníkům přírodu, její vývoj a zákonitosti. Podle přísného provozního režimu, limitujícího počty a frekvenci návštěvníků slouží jeskyně veřejnosti i odborným exkurzím. Příležitostně se v Předním dómu a na dně Macochy konají také pěvecké a hudební koncerty.
V celém jeskynním systému pokračuje speleologický průzkum, dokumentace, mikroklimatické, hydrochemické, geologické a další výzkumy, které doplňují studium přírodních procesů a vlivu člověka na krasový ekosystém. Umožňují také zlepšovat odbornou péči a ochranný i provozní režim této mimořádné přírodní památky.
Pozoruhodné výsledky přináší zejména mikroklimatická sledování těchto dynamických podzemních prostor, stejně jako potápěčské průzkumy hlubin macošských jezírek, jejichž dna dosud nebylo dosaženo.